عبادته:

وكان عليه السلام كثير العبادة لله تعالى، غزير الدمعة، يبكي من خشية الله حتى تخضب لحيته بالدموع، حتى سمّاه أهل المدينة بـ(زين المتهجّدين)، وورد أنّ أحد العيون سمعه بعد دخوله السجن يقول في دعائه: " اللهمّ إنّك تعلم أنّني كنت أسألك أن تفرّغني لعبادتك، اللهمّ وقد فعلت، فلك الحمد"².

كما ورد أنّ الفضل بن ربيع جلس على سطح مشرف على المكان الذي سجن فيه الإمام عليه السلام، وسأل أحدهم: ماذا ترى ؟ فأجاب: ثوباً مطروحاً.فقال له: انظر حسناً، فتأمّل ذلك الرجل فقال: رجل ساجد، عندها قال له الفضل: هو موسى بن جعفر، أتفقّده الليل والنهار، فلم أجده في وقت من الأوقات إلاّ على هذه الحالة.إنّه يصلي الفجر، فيعقّب إلى أن تطلع الشمس، ثمّ يسجد سجدة، فلا يزال ساجداً حتى تزول الشمس.وقد وكّل من يترصّد أوقات الصلاة، فإذا أخبره وثب يصلّي من غير تجديد وضوء وهو دأبه، فإذا صلّى العتمة أفطر، ثمّ يجدّد الوضوء، ثمّ يسجد، فلا يزال يصلّي في جوف الليل حتى يطلع