الجهاد في المنفى:

وفي منفاه في تركيا مُنع الإمام من ممارسة أي نشاط سياسي أو اجتماعي، لكن الحكومة التركية خافت من استمرار بقاء الإمام فيها والذي بدأ بتعلم اللغة التركية.لذا وفي 5/10/1965م نقل الإمام إلى النجف الأشرف في العراق وفيها بدأ بإلقاء محاضرات حول الحكومة الإسلامية التي نظّر فيها لولاية الفقيه.ومن النجف الأشرف أصدر الإمام فتواه المشهورة بوجوب دعم ثورة الشعب الفلسطيني مجيزاً إعطاء الزكاة لها.وفي العام 1977 استشهد ابنه السيد مصطفى الذي كان مجتهداً كبيراً بل كان -على حد تعبير الإمام نفسه- أمل الإسلام.ولم يبكِ الإمام أمام الناس على ولده معبّراً عن سبب ذلك أن الشاه يريد أن يراه باكياً، لذا فهو لن يبكي.

في عام 1978م قررت السلطة العراقية إبعاد الإمام الخميني قدس سره إن لم يلزم الصمت ويلتزم شروط السلطة، لذا أبعد عن العراق، وبعد أن علم الإمام أن الكويت لن تستقبله صرّح قائلاً: والله لو أني بقيت أتنقل مهاجراً من مطار إلى مطار لما تركت أمر مقارعة الشاه".